第一章 总 则
第一条 为吸引和鼓励香港、澳门优秀青年学者每年在内地进行一定期限的自然科学基础研究和应用基础研究，设立香港、澳门青年学者合作研究基金。
第二条 香港、澳门青年学者合作研究基金经费来源于国家杰出青年科学基金。由国家自然科学基金委员会（简称自然科学基金委）负责实施与管理。
第二章 申 请
第三条 申请者应具备以下条件：
（一）热爱社会主义祖国,具有良好的学风和科学道德；
（二）在香港或澳门从事科学研究，可保证每年在内地工作两个月以上；
（三）申请当年1月1日未满45周岁；
（四）具有所在地副教授级以上或成绩突出的相当于助理教授级的专业技术职务，在香港或澳门独立主持一个实验室或一个重要的研究项目（须提供任职证书复印件和研究项目批准通知书复印件）；
（五）在自然科学基础研究方面已取得国际同行承认的创新性成绩，或在应用基础研究方面已取得突出的创造性科技成果；拟开展的研究工作属国际前沿且为内地所急需，与合作者有一定的合作基础；
（六）申请者或合作者同期只能申请一项且无该类在研项目；
（七）在内地的合作研究单位（简称"合作单位"）已经落实并与其签订了合作研究协议书（简称《协议书》）。在协议书中，双方应就以下主要问题达成一致意见：
1．合作研究的课题名称以及研究方向、预期目标等；
2．合作单位承诺保证合作研究所必需的主要实验设备以及人力、物力等条件的配备；
3. 获资助者每年在合作单位的工作时间至少在两个月以上。
（八）合作单位系指内地合作申请者所在单位，即本基金申请获资助后的项目依托单位。内地主要合作者一般也应是具有相当水平的青年学者。
第四条 申请者须按照项目指南规定的内容与要求认真撰写申请书，提交有关附件材料，通过合作单位（项目依托单位）提出申请。
第五条 合作单位的学术委员会或专家组对申请人按照规定条件严格择优遴选，认真审核并签署推荐意见后，将申请书和附件材料(包括协议书)报送自然科学基金委对口科学部。
第三章 评审与批准
第六条 自然科学基金委对口科学部对申请材料进行形式审查，有以下情况之一者，不予继续评审：
（一）不符合申请条件；
（二）内地合作者与合作单位(依托单位)不一致者；
（三）不按规定要求编写申请书；
（四）应提供的材料不齐全。
第七条 形式审查合格后，由科学部组织专家进行同行评议。每位申请人的申请书至少要有五份专家有效评议意见(包括较详细的评议意见和表态意见)。
第八条 在同行评议基础上，科学部遴选优秀者提交专业评审组（以下简称评审组）评审，一般应请申请人或合作者到会答辩。评审组在充分讨论的基础上，以无记名投票的表决方式确定建议资助的候选人，建议资助的候选人必须获评审组成员和特邀专家到会人数二分之一以上赞成票方为有效。主审人填写评审意见，组长签名。
第九条 自然科学基金委计划局对各专业评审组推荐资助的候选人情况进行汇总并报委务会议审核后，提交评审委员会评定。香港、澳门青年学者合作研究基金获资助者必须获评审委员会委员和特邀专家到会人数三分之二以上的赞成票，方可通过。
第十条 评审委员会评审确定的香港、澳门青年学者合作研究基金获资助者名单，由评审委员会主任或副主任签署评定意见并签名，自然科学基金委予以公布。
第十一条 为保证评审工作的公正性，评审的各个环节，须严格执行《国家自然科学基金项目管理规定》中关于回避和保密的各项规定。
第四章 实施与管理
第十二条 香港、澳门青年学者合作研究基金获资助者在接到批准通知后两个月内，根据申请时提出的研究工作设想，安排和部署研究工作，按要求撰写研究计划，经内地合作单位审核和签署意见并加盖公章后报送自然科学基金委对口科学部。
第十三条 获资助者于资助计划实施的次年开始，应认真撰写年度进展报告，经合作单位审查后于每年1月15日前报送对口科学部。
第十四条 资助期(一般为三年)结束后，获资助者必须认真撰写总结报告，经合作单位审查后报送对口科学部。
第十五条 获资助者在合作单位进行研究所取得的科研成果，其知识产权属于合作单位。发表的论文、出版的专著等均应按《国家自然科学基金项目管理规定》的要求进行标注。
第十六条 在合作研究执行期内，合作双方因学术观点或其他原因无法继续合作时，任何一方都可以书面形式向自然科学基金委提出中止的申请，对口科学部根据项目管理的有关规定与内地合作单位办理项目中止手续。
第十七条 资助经费下达到合作单位，主要用于资助期在内地的科研工作。合作单位应严格按照财政部和自然科学基金委联合发布的《国家杰出青年科学基金项目资助经费管理办法》（财教〔2002〕64号）的有关规定，对该项基金资助的经费单独建账进行管理。
第十八条 其他管理事项原则上与《国家杰出青年科学基金实施管理办法》的规定相同。
第五章 附则
第十九条 本办法自公布之日起执行，1999年2月3日公布的《香港青年学者合作研究基金管理办法》同时废止。
第二十条 本办法责成自然科学基金委计划局负责解释。