近五年，国家自然科学基金立项101项，立项数连续两年居全省同类院校之首。山东省自然科学基金等省级项目立项140项，立项数量、资助经费及增长幅度均创历史新高。发表“SCI”论文1863篇。获省级科研奖励四项。申请国家发明专利108项。山东省神经科学学会、山东省矮小症医疗大数据科技联盟落户学校。打造“微山湖”品牌学术论坛，举办第五届全国“跨学科蛋白质研究”学术讨论会等学术会议、学术报告100余场次。
中华医学会行为医学分会、山东省行为医学专业委员会和山东省神经科学学会挂靠学校。主办《中华行为医学与脑科学杂志》《中华诊断学电子杂志》《精神医学杂志》和《济宁医学院学报》，均向国内外公开发行。《中华行为医学与脑科学杂志》为中国权威学术期刊，名列基础医学类期刊第一名，并入选“中国科协精品科技期刊工程项目”，《中华诊断学电子杂志》获中华医学会“优秀期刊”奖。
贺林院士新医学临床转化工作站获批山东省院士工作站。拥有省级科研平台10个，建有中美转化医学实验室等国际合作实验室3个，设有各级各类研究所（室）等研究机构50余个。