二、科学部主任基金每年从科学基金中划出，不超出当年科学基金总经费的2%，年度预算指标由委务会议批准。分配到各科学部。
三、科学部主任基金的使用范围:
1.两个年度申请期之间需要紧急启动的创新性项目;
2.在研项目(主要是面上在研项目)有可能取得突破性进展或取得重大效益，而又急需经费的，可给予追加经费资助。各科学部用于追加的经费不得超过本科学部主任基金当年总经费的40%;
3.为科学基金工作的发展，需要科学部委托或安排的任务;
4.委务会议确定应该纳入科学部主任基金资助的项目。
四、各科学部随时受理该项基金立项申请。申请、评议程序与自由申请项目的要求相同。在同行专家评议基础上，由科学部主任会议审批。资助期限一般为一年，资助期限不超过一年的项目不计入限项范围。
五、申请在研项目追加经费，一般需在第一次拨款一年以后，项目结题半年之前由项目负责人通过单位提出，学科主任审查并提出追加经费建议意见，科学部主任会议审批。
六、科学部委托的任务一般按一年期限安排，需要连续委托的，一年一安排。支持青年学术会议，也纳入委托项目执行。委托资助经科学部主任会议审查批准后，由科学部与承担单位签订协议书或合同后执行。
七、科学部主任基金资助项目(含委托与安排的任务)的资助金额在10万元（含10万元）以下的由科学部主任批准;10万元以上的，科学部提出审查意见，由分管委主任或副主任批准;批准资助金额一般不超过20万元,超过者,由委务会议批准。
八、科学部主任基金资助项目批准后，由科学部负责申请书简表录入,并在每单月20日前打印拨款清单（拨款清单见附表），经科学部领导签发后送综合计划局(以下简称计划局)拨款.审批原件由科学部存档。该项基金由计划局负责按科学部记帐，结余经费可跨年度使用。
九、科学部应将两次评审会议间资助项目的情况,每年审批面上项目时书面向委务会议汇报。
十、本办法自公布之日执行。1992年3月9日委务会议通过的《国家自然科学基金委员会科学部主任基金管理办法》同时废止。
十一、本办法由国家自然科学基金委员会责成计划局负责解释。