改革开放以来，我国高等学校（以下简称高校）科技队伍不断壮大，在研究开发和产业化等方面取得了很多重要成果，已经成为我国科技创新队伍中的有生力量。但是，高校在国家科技创新中的重要地位还没有得到充分认识，科技和教育体制仍然存在束缚高校科技创新活力的因素，高校在科技创新方面的潜力和作用尚未得到充分发挥。为了全面贯彻落实"科教兴国"战略，推进国家创新体系建设，进一步发挥高校科技创新作用，特提出以下意见：
一、充分认识高校在科技创新中的重要地位
1、高校是培养人才，生产和传播新知识、新思想的重要基地，在国家创新体系中具有十分重要的地位。高校拥有丰富的青年人才资源和高水平的科技专家，人员更新流动快、学术思想活跃、学科门类齐全，适于进行自由探索式的、好奇心驱动的、多学科交叉的基础研究。高校通过多学科综合与合作，也适合开展具有目标导向的应用基础研究。高校与产业界联系越来越密切，与产业界联合开展应用研究和产业化开发已成为普遍趋势。高校科研人员积极从事技术发明，并通过专利许可和技术转让等形式，为经济和社会发展服务。高校科研与人才培养紧密结合，在开展科技创新的同时，不断为社会提供经过严格科研训练的各类专业化人才。
2、在推进我国国家创新体系的建设中，要明确高校的重要地位，大力推进体制创新，形成促进高校科技创新的新的体制和机制。要加大国家对高校科研和人才培养的支持力度，提高高校科技创新能力。要创造良好的政策环境，进一步调动高校师生科技创新的积极性。要努力使高校真正成为我国高层次人才培养的摇篮，科技创新的基地，新产业培育发展的源泉，国家和地方经济发展的重要科技支撑，成为我国科技创新队伍中的主要力量之一。
3、在高校建立一支高水平的科技创新队伍，培育一批具有国际影响的学术带头人。整合高校现有人才计划，推动人才资源的有效结合，以学术带头人为核心，形成一批充满活力的科技创新群体，成为科技创新的突击队和排头兵。
二、采取有力措施，加强高校科技创新能力建设
4、调整现有国家重点实验室的结构、布局和研究方向。对学科相近或相关，或二级学科以下的，特别是同一所学校内的国家重点实验室群，有选择地进行合并重组。同时，根据新兴学科或交叉学科发展的需要，在高校中新建一批国家重点实验。进一步加强高校国家重点实验室的建设。逐步改变过去国家重点实验室、部门重点实验室条块分割、分散重复的局面。依托现有各类实验室，组建新的国家重点实验室，实行相关部门、地方乃至社会力量共同支持、共同利用、共同进行业绩考评的新机制，使之真正成为具有国际竞争力的、高水平科研工作和培养高层次优秀人才的基地，新兴学科和交叉学科的研究基地。增加国家重点实验室基础设施和运行费用方面的投入。设立国家重点实验室主任基金，支持其进行自由探索式研究。
5、选择一批研究力量强的高校，进行创新基地建设试点。通过高校科研体制改革，加大科研基础设施建设的投入力度，充分发挥高校多学科交叉和人才资源丰富的优势，进一步提高它们在基础研究和应用基础研究领域承担国家科研任务和培养高水平科研人才的能力，逐步形成一批具有较强科研力量和较高科研水平的研究型大学。
6、加强高校的科研条件建设。对高校的大型科学仪器实行开放、共享的新型管理制度。在做好整体规划布局的基础上，在有条件的高校组成国家大型科学仪器中心，集中经费投入，用于更新前沿学科发展需要的仪器设备，避免重复购置。建立网上合作研究中心（虚拟实验室），利用先进的科技手段建立重大仪器设备的远程操控平台；推动一批科学实验基地面向学生开放。建设各种开放性的国家基础性科研数据库，实现图书文献、科研信息资源的数字化、网络化。
7、推进高校与科研机构在科研和教育方面的结合。通过政策引导，鼓励部分科研机构整建制进入高校，与高校现有的系（所）结合、重组，增强高校的科研力量。加强高校和科研机构在培养研究生方面的联合与协作，扩大高校与科研机构联合培养研究生的数量。
8、推动高校与企业在科技创新和人才培养方面的合作。对企业、科研机构与高校联合提出申请的国家科技计划项目，在同等条件下优先支持。由高校承担国家科技计划项目，企业参与联合投入的，允许企业优先获得成果转化和使用权。鼓励高校与国内外企业共建实验室、研究开发中心等研究机构。
三、深化与高校相关的科研教育管理制度改革
9、要进一步改革高校招生管理制度。对一批具有较强科研力量的高校，允许其扩大研究生招生规模，以满足其科研工作的需要和社会对高层次人才的需求；对那些以本专科教育为主的高校，鼓励其不断提高教育质量，以满足社会对各类专业化人才的需求。逐步将有关学科设置调整的权力下放给高校，授予高校二级学科设置和调整的自主权，鼓励高校结合科研项目、任务的实施带动新兴、交叉学科的产生，允许高校根据人才市场需求自主设置学科专业。
10、改革高校研究生培养制度。逐步推行与国际接轨的研究生培养制度，取消对研究生培养年限的统一规定，实行弹性学制；建立博士资格淘汰制度，鼓励硕博连读。逐步扩大教学科研并重的高校在研究生招生、培养方面的自主权。在有关部门指导下改革博士后制度，在博士后流动站设置制度和博士后聘用制度等方面充分借鉴国外成功经验。
11、改革高校人事管理制度。参照中组部、人事部、科技部《关于深化科研事业单位人事制度改革的实施意见》（人发[2002]30号）的有关规定，在高校全面推行科研人员聘用制度，实行科研岗位管理制度，建立灵活有效的分配激励机制。授予高校在聘用、解聘科研人员方面的自主权，缓解专职科研人员不足的状况；允许高校自主决定固定人员与流动人员的比例。改革现行职务评聘办法，实行岗位职务聘任制度。高校可以根据发展需要自主决定本单位不同等级岗位职务的数量、任职条件和待遇水平。
12、对高校承担的国家科技计划项目全面实施课题制。建立和完善高校科研管理制度，提高科研管理水平，按照国家财政预算管理改革的总体要求，对课题实行全额预算管理，细化预算编制，并实行课题预算评估评审制度。要科学、合理地使用科技计划项目经费中的人员经费，稳定和吸引一批优秀人才在高校从事科学研究。
13、改进和完善科研评价制度。合理利用SCI在科研评价方面的作用，从重视科研论文的数量向重视论文质量转变，从重视论文向论文与专利并重转变，取消政府导向的SCI排名。严格区分政府评价与学术界自我评价。政府评价要根据不同科研性质、不同研究领域来制定科学合理的科研评价指标体系。简化科研评价环节，适当延长评价周期，使评价工作与科研工作的规律和特点相适应。改变科研评价工作中的急功近利倾向，逐步培育和依托社会中介组织开展评价活动，建立独立的社会化科研评价体系。
四、大力推动高校技术转移及产业化
14、加大国家对大学科技园、高校技术创新孵化服务网络等基础设施的支持力度。努力提高大学科技园等孵化机构为创新创业服务的质量和水平，创造社会资金与高校师生科技知识相结合、共同创业发展的良好环境和平台。
15、推动高校成立技术转让机构。通过加强知识产权管理，促进专利申请工作。运用专利许可、技术转让、技术入股等各种方式推进高校所开发技术的扩散应用。允许高校遵照国家相关政策规定，自主制订有关鼓励技术发明、转让的规定，以调动高校师生从事科技创新的积极性。鼓励和支持高校师生兼职创业，处理好相关的知识产权、股权分配等问题，处理好兼职创业与正常教学科研的关系。
16、进一步规范高校校办企业管理体制。对现有的校办企业，通过授予国有资产管理权等方式，理顺产权关系，建立合理的校办企业投入撤出机制。今后，高校投资经营活动应主要围绕转化学校科技成果、孵化高新技术企业进行，原则上不得投资经营非科技型企业。要清理和杜绝各类企业擅自冠以校名的做法。发挥高校科技创新作用是我国国家创新体系建设工作的重要组成部分，各级科技管理部门和教育管理部门应给予高度重视，结合各部门、各地方的实际情况，采取切实措施，充分调动各方面的积极性，把我国科技和教育事业发展推向一个新的阶段。
